Иногда, когда xrandr не получает текущие разрешения экрана, появляется окно, с просьбой ввести разрешение экрана. Чтобы не гуглить и на глазок не выбирать выставляем 20. А дальше идем в файл /etc/X11/fly-dm/fl-y-dmrc
В нем находим директиву ServerArgsLocal и после ...tcp дописываем -dpi 96
Рестартим fly-dm и вуаля
Тестировалось на Astra Linux Smolensk Edition 1.5/1.6